第一，包含的预防HPV病毒的种类不同。四价疫苗主要预防HPV6、11、16、18四种病毒的感染，九价疫苗预防6、11、16、18、31、33、45、52、58这九种病毒的感染。
第二，适合的年龄范围不同。四价疫苗的注射主要适用于20-45岁的人群，可以是男性也可以是女性。九价疫苗主要适合于16-26岁的人群，男性女性都可以。
第三，在预防宫颈癌的作用不同。九价疫苗能预防90%以上的宫颈癌疫苗的发生，四价疫苗能预防70%以上的宫颈癌症的发生。
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