1、支持分区大小不同。
NTFS主要应用场景有计算机磁盘，以及移动硬盘。这种格式的磁盘分区可以达到2TB，多用于储存大型文件。FAT 32最大磁盘分区只有32GB，仅可作为日常传输文件用。除此之外，在文件传输方面NTFS和FAT 32格式的磁盘也有差异，FAT 32格式磁盘不支持传输超过4GB的单个文件，NTFS则没有限制。
2、对磁盘空间利用率不同。
磁盘的空间利用率，对于我们使用磁盘非常重要。当分区不同时，磁盘簇的大小也有差别。FAT 32格式的磁盘当分区大小达到2-32GB时，簇的大小则会达到4-16KB。而NTFS格式的磁盘则不同，分区大小在2G至2TB时，簇的大小也仅有4KB。
3、系统的兼容性不同。
NTFS格式的磁盘是微软公司开发的一种格式，这种格式在Mac上是无法写入数据的。但Mac可以将数据写入FAT 32格式的磁盘中。
4、可用性不同。
FAT32文件系统包括引导区、文件分配表区、数据区三大块。FAT32在win系统上比FAT16稍快，在DOS下比FAT16更慢。在文件分配表出问题时，只能通过手动执行Scandisk命令或其他类似工具，去检查错误并将系统备份的FAT文件分配表去覆盖出问题的文件分配表。而NTFS中的所有文件是以key-value的形式存储和组织的，支持快速查找和定位文件，提高了操作系统对文件数据的处理效率。
5、安全性不同。
FAT32在安全性方面比较差，没有特别的安全功能。只是在做磁盘或文件共享时，可以给不同用户设置不同的权限。NTFS文件系统在安全性方面做了很大加强。首先，它不仅在共享的时候可以指定用户权限，还在本地访问时，也能够对磁盘、文件夹、文件等对象独立设置用户的访问权限。其次，支持对磁盘进行配额管理。最后，NTFS还支持文件系统(EFS)加密和空间压缩技术。